PDF側の設定で印刷する紙のサイズに合わせる機能にチェックが入っているためです。

印刷設定を実際のサイズ設定に変更することで縮尺通り印刷が出来ます。

PDFを開き、メニューバー「ファイル」＞「印刷」を開きます。

サイズ設定を［実際のサイズ］に変更し、印刷を行ってください。